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ATAC-seq

產品介紹常見問題經典案例結果展示


ATAC-seq ? 研究開放染色質的最優選擇

ATAC-seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing)是一種利用高通量測序對轉座酶易接近核染色質進行分析的方法。通過高活性的 Tn5 轉座酶將測序接頭插入染色質的開放區域,然后通過測序數據來推斷染色質區域的可及性,并計算轉錄因子結合位點和核小體的區域位置。

周期短、范圍廣、特異性強

理論上最少只利用大約500個細胞就可以快速的得到調控的多維信息,比同類產品節省大約3到5個數量級的細胞;通過 Tn5 轉座酶在切割 DNA 時加入接頭序列,經過 PCR 擴增即可獲得測序文庫,該過程數小時內即可完成;可以獲得染色體在某個特定的時空條件下所有開放染色質區域,并不僅僅局限于某個轉錄因子的結合位點,或者某個特定的組蛋白修飾區域。具有“周期短、范圍廣、特異性強”的優勢,已廣泛應用于人、小鼠、豬、雞、牛、扇貝、擬南芥等物種的研究。支持上門服務。

科學方案設計

從材料選取,建庫測序,到數據分析,每一步都需要科學、縝密的設計,以保障高質量研究成果。

信息分析

諾禾致源 ATAC-seq 項目通過
轉座酶對特定時空開放的核染
色質區域進行切割,獲得該時
空下全基因組中所有活躍轉錄
的調控序列信息,分析轉錄因
子結合信息、核小體區域信
息、轉錄調控元件分布等。

ATAC-seq 分析內容 解決問題
標準分析 測序數據質量評估 過濾掉低質量數據,保證數據質量
參考序列比對分析 唯一比對的 reads 分布統計
Peak calling 分析核小體及轉錄因子結合位點
Motif 分析 轉錄因子結合序列信息
Peak 峰相關基因注釋 Peak 在基因組及功能區上的分布
差異 peak 分析 分析不同樣本間差異 peak 峰
相關基因功能分析 Peak 相關基因 GO, KEGG 富集分析
個性化分析、多組學關聯分析需聯系產品經理進行評估。

悅讀高質量測序數據,盡享 HPC 澎湃動力

ATAC-seq 采用先進的Illumina測序平臺,快速、高效地讀取高質量的測序數據。諾禾致源高性能計算平臺(High Performance Computing,HPC)采用DELL計算節點和Isilon存儲的高效組合,實現快速穩定的測序數據分析及交付。隨著公司業務的發展,高性能計算平臺將會持續更新并擴容,以保證高效的數據處理和安全的數據存儲。

出色完成每一個項目環節

諾禾致源已經成功完成對人、小鼠、豬、雞、牛、鹿、扇貝、擬南芥、楊樹、蘋果、小麥、真菌等物種進行ATAC-seq分析,助力客戶科學研究及發表文章。“科學的方案設計,嚴格的質控管理,專業的分析團隊,豐富的項目經驗,優質的項目服務”,確保每一個環節都能出色完成,助力科學研究。

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